在公司重整过程中，股东会、董事会、监事会的治理结构虽然仍然存在，但大多数国家的破产法律都对股东的控制权进行限制，股东原有的最终的控制权已经丧失，转移给了债权人。债权人通过债权人会议、债权人委员会等机构行使权利。而公司的经营控制权，则由重整人行使。我国立法中重整有两种管理模式，一种是管理人管理模式，一种是债务人管理模式，在不同的重整管理模式下，公司的控制权是不同的。

1.在管理人管理模式下，管理人掌握公司的经营控制权，使原有股东会、董事会和监事会的职权发生变化，董事会与经营管理层的委托代理关系中断，从而使股东丧失了控制公司的渠道。管理人取代了原董事会的主要职权，根据《中华人民共和国企业破产法》相关规定履行基本职责，董事会已其职能由管理人行使。同时，管理人在重整程序中还有一些特有职权，如审查确认债权、合同履行选择权、撤销权、提议召开债权人会议、重整计划制定权等等。管理人可以聘任经理等原经营管理层对营业事务进行管理，在此模式下，经营管理人员的权利来自于管理人的授权，为管理人而非为股东和董事会服务。

2.在债务人自行管理模式下，公司的经营控制权由董事会行使，但该董事会与原有的董事会不同，是被特定化的。首先，董事会人员的具体范围需要法院确认，并不是所有的董事都符合在重整期间行使经营管理权的资格董事会人员的范围，要由法院根据情况进行确认。其次，董事会的地位类似于管理人的中立地位，其行为以债务清理和企业拯救为目标，受到管理人和其他利益主体的监督。第三，董事会的权利义务被特定化，除了可以继续行使《中华人民共和国公司法》规定的职权，董事会还需依照《中华人民共和国破产法》的规定履行与管理人一样的职权。